Sieć kolejowa na terenie miasta, w 91% zelektryfikowana, nie jest wykorzystywana dla lokalnego ruchu miejskiego. Całkowita długość sieci kolejowej wynosi 109 km. Obecnie na terenie Krakowa znajduje się: 8 stacji pasażerskich; 9 przystanków pasażerskich; 4 stacje pasażersko - towarowe oraz 13 bocznic kolejowych.

Dworzec Główny jest jednym z trzech skupionych w obszarze KCK terminali środków komunikacyjnych dalekiego zasięgu, zintegrowanych z miejskim systemem transportu zbiorowego. W kolejowych przewozach pasażerskich rolę uzupełniającą wobec Dworca Głównego pełnią:

• Dworzec Płaszów (Kraków Wschodni),
• Dworzec Batowice (Kraków Północny - dla kierunku Kielce i Warszawa),
• przystanek osobowy Łobzów (Kraków Zachodni - dla kierunku Katowice),
• przystanek osobowy Łagiewniki (Kraków Południowy - dla kierunku Zakopane).

W celu lepszego wykorzystania infrastruktury kolejowej w przewozach miejskich
i podmiejskich przewiduje się wprowadzenie nowego środka transportu szynowego - Szybkiej Kolei Aglomeracyjnej (SKA) , która wykorzystywałaby tabor małej pojemności (autobus szynowy), a w przyszłości lekki tabor dwusystemowy w systemie kolejowo - tramwajowym. Na atrakcyjność nowego środka transportu wpłynie wysoka częstotliwość kursowania pociągów.

W zakresie działań inwestycyjnych przewiduje się:

•  budowę nowych 14 przystanków kolejowych na terenie miasta;

•  przebudowę linii kolejowej do lotniska w Balicach z dostosowaniem do przewozów pasażerskich ;

•  budowę łącznicy kolejowej: Kraków-Krzemionki - Kraków-Zabłocie.